Después del estallido de la Segunda Guerra Mundial, fue movilizado en 1939 como teniente de infantería con el 43º Regimiento y más tarde fue incorporado al Estado Mayor de la 4ª División Colonial. Fue condecorado por su valentía dos veces y fue capturado el 11 de junio de 1940. A finales de julio de 1940 escapó de Bélgica y huyó a Clermont-Ferrand, donde se reorganizó la universidad de Estrasburgo.
A finales de diciembre de 1940 conoció a Emmanuel d'Astier de la Vigerie con quien creó un pequeño grupo de resistentes conocido como "la última columna". Para llegar a una audiencia más amplia, crearon un periódico que se convertiría en el Libération. Sirvió como portavoz de Libération-Sud y Libération-Nord. Cavaillès participó activamente en la edición del artículo. La primera edición apareció en julio de 1941.
En 1941 fue nombrado profesor en la Sorbona y dejó Clermont-Ferrand para irse a París, donde ayudó a formar el grupo de resistencia Libération-Nord, pasando a formar parte de su comité de gestión. En abril de 1942, a instancias de Christian Pineau, la Oficina central de Información y Acción (BCRA) de Londres le encargó la tarea de formar una red de inteligencia en la Zona Norte, conocida como "Cohors". Christian Pineau le ordenó pasar a la Zona Sur, y Cavaillès encabezó la red y formó grupos similares en Bélgica y el norte de Francia.
En septiembre de 1942 fue arrestado con Pineau en Narbonne por la policía francesa. Tras un fallido intento de fuga a Londres, fue internado en Montpellier en el campo de prisioneros de Saint-Paul d 'Eyjeaux de donde escapó a finales de diciembre de 1942. El libro que Cavaillès escribió en la cárcel de Montpellier en 1942 se publicó póstumamente en 1946, editado por el epistemólogo Georges Canguilhem y el matemático Charles Ehresmann bajo el título Sur la logique et la theorie de la science.
Denunciado como enemigo público por el régimen de Vichy y buscado por la policía, huyó clandestinamente a Londres en febrero de 1943. Allí se reunió con el general Charles de Gaulle en varias ocasiones. De regreso a Francia, el 15 de abril dimitió del Comité de dirección del movimiento Libération para dedicarse por completo a la acción directa. Estuvo a cargo del sabotaje de los almacenes de la Kriegsmarine en Bretaña y de las instalaciones de radio alemanas en la costa. Traicionado por uno de sus oficiales de enlace, fue arrestado el 28 de agosto de 1943 en París con su hermana y su cuñado. Torturado, encarcelado en Fresnes y luego en Compiègne, fue trasladado a la Ciudadela desde Arras y se informó que fue ejecutado allí el 17 de febrero de 1944. Una nueva investigación en 2015 reveló que esta fecha era incorrecta y fue condenado y ejecutado el 4 de abril de 1944. Enterrado al principio en Arras bajo una cruz de madera marcada como "desconocido n° 5", su cuerpo fue exhumado en 1946 para ser enterrado en la Cripta de la Sorbona, en París.
Honores militares
Caballero de la Legión de Honor
Compagñero de la Libération - decreto del 20 de noviembre de 1944
Cruz de guerra 39/45
Medalla de la Resistencia
Oficial de la Orden de la Corona de Bélgica (con una palma)
Medalla de la Resistencia (Belgica)
https://en.wikipedia.org/wiki/Jean_Cavaill%C3%A8s
