Discriminación religiosa
La persecución nazi también afectó a la vida religiosa de los polacos. Los polacos judíos fueron los más afectados, ya que todos los que habían sobrevivido a las primeras acciones asesinas durante la invasión fueron expulsados de la Polonia anexionada por Alemania a la ocupada. Los defensores especialmente abiertos del judaísmo y todos los rabinos corrían un alto riesgo de ser asesinados por los alemanes. Todas las sinagogas fueron expropiadas, desviadas, mal utilizadas o destruidas. La misma suerte corrieron muchos cementerios judíos.
Los alemanes católicos de etnia polaca y el Estado alemán se habían enfrentado en una lucha por la fe católica romana pura en acontecimientos como el Kulturkampf del siglo XIX. En aquellas regiones de Alemania con una población étnica polaca considerable, la Iglesia católica movilizó la resistencia polaca durante las particiones prusianas de Polonia y sirvió como bastión de la identidad polaca. Debido a esto los nazis la atacaron en los territorios recién anexionados. En el Gobierno General la actitud de los nazis era diferente, ya que debía servir como campo de trabajo temporal y reserva para los polacos y querían la Iglesia como herramienta para controlar a los polacos (esto también significaba encarcelamiento o ejecución de sacerdotes que se opusieran a los planes nazis). La persecución nazi contra sectores polacos de la Iglesia católica también fue un problema para la Iglesia católica alemana, donde muchos sacerdotes apoyaron las reivindicaciones nacionalistas durante la guerra y se enfrentaron a una división de la propia Iglesia a medida que los católicos polacos eran perseguidos. En general, la jerarquía alemana aceptó silenciosamente (y en algunos casos apoyó o alentó) la discriminación y el trato de los polacos como untermenschen, con notables excepciones individuales que protestaron o intentaron ayudar a sus compañeros de iglesia de etnia no alemana.
Con el tiempo, a medida que continuaba la guerra, la creciente división entre los católicos alemanes y la iglesia polaca perseguida y amenazada de destrucción preocupó al Vaticano y al propio Papa. Las partes anexadas de Polonia cubrían las diócesis ubicadas en Gniezno, Poznań, Chełmno, Katowice, Włocławek, la mayor parte de Łódź y Płock, así como partes de la diócesis de Varsovia, Łomża, Częstochowa y Kielce. Las autoridades alemanas, siguiendo la política de germanización total, pretendían destruir completamente la iglesia católica polaca en esos lugares y sustituirla por sacerdotes y estructuras católicas alemanas. Los sacerdotes católicos polacos serían expulsados o asesinados.
El principal contacto de los nazis en esos planes era Carl Maria Splett, obispo de Danzig y miembro de la conferencia episcopal polaca antes de 1939, que mantenía estrechas relaciones con el nazi Albert Forster y perseguía planes para sustituir el clero polaco por el alemán. Otro miembro notable del clero alemán fue el arzobispo Adolf Bertram, quien personalmente se puso en contacto con el Vaticano con la solicitud de germanizar la organización de la iglesia católica polaca. Con la posición de la Iglesia católica en Alemania amenazada desde 1933, Bertram pidió la libertad de fe. Su trabajo se vio favorecido por el hecho de que a medida que el terror alemán crecía y se hacía ampliamente conocido, muchos miembros de alto rango del clero católico polaco buscaron refugio en el extranjero para salvarse (los alemanes estaban asesinando a las élites de la nación polaca como parte de sus planes) y se impidió a sus adjuntos asumir el cargo. La primera víctima fue el voivodato de Pomerania, donde casi todas las iglesias católicas polacas fueron cerradas, saqueadas y convertidas en una especie de almacén, establo o depósito. Los sacerdotes católicos polacos se enfrentaron a tres oleadas de arrestos después de las masacres iniciales. Los detenidos terminaron en Dachau y Stutthof. Los monasterios fueron cerrados y los alemanes robaron o destruyeron sus colecciones de arte y libros. Splett cooperó con Forster e introdujo a 200 sacerdotes católicos alemanes en la diócesis de Chelmno, donde había sido nombrado administrador diocesano a partir de diciembre de 1939. Bajo su mando, el sacerdocio polaco fue oprimido y las oraciones y misas bajo su dirección elogiaron a Hitler. También prohibió el uso del idioma polaco en las iglesias. Cuando prohibió las confesiones en polaco en mayo de 1940 el Vaticano intervino y ordenó que se levantara la prohibición. Splett no sólo defendió su prohibición, sino que argumentó que era para "proteger" a las personas que hacían las confesiones. Tras este argumento, intentó afirmar que las confesiones en polaco se utilizan con "medios nacionalistas". Finalmente el Vaticano aceptó su explicación. Además de prohibir el idioma polaco, Splett ordenó la eliminación de signos y nombres polacos en los cementerios de monumentos y tumbas y en todas las iglesias bajo su jurisdicción. Albert Forster elogió el trabajo de Splett.
En Wartheland los ocupantes decidieron no utilizar sacerdotes católicos alemanes para la germanización. La Iglesia católica polaca iba a desaparecer por completo. El 13 de septiembre de 1941 Arthur Greiser firmó por el cual la administración alemana rechazaba la existencia de iglesias como entidades legales en ese Reichsgau. Tres semanas después, la mayoría de los sacerdotes católicos polacos fueron enviados a campos de concentración. De los seis obispos de la región, sólo uno logró permanecer: Walenty Dymek. Fue Dymek quien, a través de sus enérgicas protestas, finalmente comenzó a preocupar al Vaticano porque eventualmente perdería todas las iglesias polacas de la región, en no menos de 2 o 3 meses. El Vaticano, preocupado por la posibilidad de desarrollo de la Iglesia Católica Nacional Alemana, intervino y como primer paso nombró dos administradores: uno para la población alemana y otro para la polaca en la región, con Dymek designado como administrador de la población polaca. La situación de la iglesia católica en la región de Warthegau era catastrófica: hasta 1944 se cerraron hasta 1.300 iglesias y templos, 500 de ellos se convirtieron en almacenes, dos simplemente fueron destruidas por los alemanes, otros fueron entregados a las congregaciones de la Iglesia Evangélica Unida en Wartheland. Las catedrales de Poznań y Włocławek fueron despojadas de sus reliquias y obras de arte. Parte del arte saqueado fue destruido por los alemanes. En Gniezno la basílica fue devastada. En Poznan fueron destruidas la prensa y las organizaciones católicas que constituían el centro religioso de la religión. La mayoría de los monumentos religiosos, cruces rurales y pequeñas capillas también fueron erradicados de la región. Se obstaculizó el acceso a las misas y, a menudo, los alemanes sometieron a los fieles polacos que abandonaban la iglesia a łapanka. Hasta el 80% de los sacerdotes católicos polacos iban a ser expulsados, a lo que siguieron detenciones masivas.






