El 26 de abril de 1942 el Comité de Defensa del Estado decidió construir un avión de este tipo con las funciones de un bombardero nocturno. El trabajo en el avión se confió a Yakovlev. El diseño fue bastante rápido: para acelerar el trabajo, el grupo de hélices se copió del UT-2. El avión fue diseñado y construido en dos versiones, transporte y bombardero, en la fábrica evacuada en dos meses. Ya en julio de 1942, dos modelos estaban parcialmente listls: un transporte en un 75-80% y un bombardero en un 20-25%. Las pruebas de fábrica del transporte comenzaron el 19 de agosto de 1942 y finalizaron el 1 de septiembre.
La versión de transporte del Yak-6 se envió a Moscú, donde se llevaron a cabo pruebas estatales de acuerdo del 8 al 16 de septiembre. El avión resultó prometedor, se siendo fácil de fabricar y de usar, económico, no requería combustible de alta calidad y podía usarse como transporte, ambulancia, comunicaciones, bombardero nocturno.
Un poco más tarde, también estaba lista la versión militar del Yak-6 NBB No. 0247 . Las principales diferencias estaban en la instalación de armas y equipos adicionales. El automóvil recibió la radio RSI-4 y la semibrújula de radio RPK-10.
La carga de la bomba era de 500 kg. Las bombas se colgaron en 5 MD-3-40, montados en el larguero delantero del ala. Tres estaban destinados a bombas de hasta 250 kg, dos hasta 100 kg. Se previó el uso de un dispositivo de vertido para sustancias tóxicas 8V-116. El navegador recibió una mira de bomba NKPB-3. Para la defensa, se instaló una ametralladora ShKAS, colocada en el soporte de pivote OP-102 detrás de la cabina con 500 rondas de municiones. El aparato estaba equipado con dos motores M-11F con una potencia de 140 CV cada uno.
El avión se puso en producción en tres fábricas a la vez.
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